1. Параметры реестра, отвечающие за раскладку клавиатуры при входе в систему находятся в разделе
HKU\.DEFAULT\Keyboard Layout\Preload
Там надо на первую позицию поместить желаемую раскладку - 00000409 (английская) или 00000419 (русская).
2. Вы можете внести в реестр необходимые параметры, выполнив следующие команды
reg add "HKU\.DEFAULT\Keyboard Layout\Preload" /v 1 /t REG_SZ /d 00000409 /f
reg add "HKU\.DEFAULT\Keyboard Layout\Preload" /v 2 /t REG_SZ /d 00000419 /f
3. Чтобы сменить сочетание клавиш, переключающих раскладку, выполните команду
reg add "HKU\.DEFAULT\Keyboard Layout\Toggle" /v Hotkey /t REG_SZ /d 1 /f
где цифра 1 - ALT+SHIFT, 2 - CTRL+SHIFT