На виртуальной машине сервер 1С постоянно выкидывал проблемы с лицензией (стоял не электронный ключ, а электронная лицензия привязанная к железу). Оказалось что при изменении частоты процессора более чем на 2 МГц считается, что это другой комп.

По умолчанию в убунте работает регулировка частоты в зависимости от нагрузки.

отключается - sudo update-rc.d -f ondemand remove

Ну и перезагрузка