Возникла проблема с обновлением MongoDB, репы которой расположенной на амазоне.

Приходится менять на зеркало яндекса
в файле /etc/apt/sources.list.d/mongodb-org-X.X.list  (где X.X - версия)
заменить http://repo.mongodb.org/apt/ubintu на https://mirror.yandex.ru/mirrors/repo.mongodb.org/apt/ubuntu

Если изменить номер версии то придется обновить ключ
gpg --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv KEY
gpg --export --armor KEY | sudo apt-key add --

где KEY ключ который необходимо добавить.

Еще один вариант добавления всех недостающих ключей (не пробовал)
sudo apt-key adv --recv-keys --keyserver keyserver.ubuntu.com `sudo aptitude update 2>&1 | grep -o '[0-9A-Z]\{16\}$' | xargs`

отсюда - http://softhelp.org.ua/?p=421